Dalam pengelolaan P3PD, telah diatur jalur kelembagaan sebagai wadah koordinasi dan kolaborasi antar pemangku kepentingan dan dukungan terhadap penyelenggaraan program yaitu:

1. Tim Koordinasi Program yang diatur melalui Surat Keputusan (SK) Menteri Bappenas terdiri dari Tim  Pengarah Tim  Koordinasi Teknis Unit  Pelaksana di Tingkat  Pusat, Pengelola Program  tingkat Daerah, Tim  Pendukung dan Pengelola P3PD
2. Unit Pelaksana P3PD yang terdiri dari :
   (a) Unit Pelaksana Kemendagri
   (b) Unit Pelaksana Kementerian Desa PDTT,
   (c) Unit Pelaksana Bappenas,
   (d) Unit Pelaksana Menko PMK.
   Unit Pelaksana P3PD diatur melalui Surat Keputusan (SK) Jenderal Bina Pemerintahan Desa (selaku Executing Agency) atas nama Menteri Dalam Negeri, bagi Pelaksana (Central Program Manajemen Unit/CPMU) lainnya.
3. Tim Pendukung Teknis dan Pengelola Program yang terdiri dari :
   (a) Konsultan Manajemen Pusat (National Management  Consultant),
   (b) Tim Pengembang Modul dan Instrumen Pendukung (TPMIP), Tim Pembangunan Platform  Digital dan Aplikasi Pengembangan Kapasitas,
   (c) Tim Advisori Koordinasi dan Kolaborasi, dan
   (d) Konsultan Evaluasi Dampak Program